Windows NT, un sistema operativo diseñado para entornos empresariales, fue lanzado en 1993. Al año siguiente, la compañía y el Departamento de Justicia firmaron un acuerdo en el que se pedía a Microsoft que modificase la forma de vender y conceder licencias para sus sistemas operativos a los fabricantes de computadoras. En 1995 la compañía lanzó Windows 95, un entorno multitarea con interfaz simplificada y con otras funciones mejoradas. A las siete semanas de su lanzamiento se habían vendido siete millones de copias.
Microsoft empezó a operar en el campo de los medios de comunicación y creó The Microsoft Network en 1995 y MSNBC un año después. Además, en 1996 Microsoft presentó Windows CE, un sistema operativo para computadoras de bolsillo. En 1997 Microsoft pagó 425 millones de dólares por la adquisición de WebTV Networks, un fabricante de dispositivos de bajo costo para conectar televisiones a Internet. Ese mismo año Microsoft invirtió mil millones de dólares en Comcast Corporation, un operador estadounidense de televisión por cable, como parte de su política de extender la disponibilidad de conexiones de alta velocidad a Internet.
A finales de 1997 el Departamento de Justicia acusó a Microsoft de violar el acuerdo de 1994 al obligar a los fabricantes de computadoras que instalaban Windows 95 a la inclusión de Internet Explorer, un programa para navegar por Internet. El gobierno sostuvo que la compañía se estaba aprovechando de su posición en el mercado de los sistemas operativos para obtener el control de los exploradores de Internet. Microsoft afirmó que debía disponer del derecho de mejorar la funcionalidad de Windows integrando en el sistema operativo funciones relacionadas con Internet. Por otra parte, a finales de 1997, la compañía Sun Microsystems demandó a Microsoft, alegando que había incumplido el contrato por el que se le permitía utilizar el lenguaje de programación universal JAVA, de Sun, al introducir mejoras sólo para Windows. En noviembre de 1998 un tribunal dictó sentencia en contra de Microsoft por un mandamiento presentado por Sun ese mismo año. Dicho mandamiento obligaba a Microsoft a revisar su software para cumplir los estándares de compatibilidad con JAVA. Microsoft apeló la sentencia.
A principios de 1998 Microsoft llegó a un acuerdo temporal con el Departamento de Justicia que permitía a los fabricantes de PC ofrecer una versión de Windows 95 sin acceso a Internet Explorer. No obstante, en mayo de1998 el Departamento de Justicia y veinte estados de Estados Unidos presentaron demandas contra Microsoft por supuestas prácticas monopolísticas y por abusar de posición dominante en el mercado para hundir a la competencia. Estas demandas obligaron a Microsoft a vender Windows sin Internet Explorer o a incluir Navigator, el explorador de Web de Netscape Communications Corporation, la competencia. Las demandas también obligaron a modificar algunos contratos y la política de precios.
En junio de 1998 Microsoft lanzó Windows 98, que incluye funciones integradas para acceso a Internet. Al mes siguiente Bill Gates nombró presidente de la compañía a Steve Ballmer, hasta entonces vicepresidente ejecutivo, y éste se hizo cargo de la supervisión de las actividades empresariales cotidianas de Microsoft.
El juicio contra Microsoft por haber violado las leyes antimonopolio comenzó en octubre de 1998. Ejecutivos de Netscape, Sun y otras muchas compañías de software y hardware testificaron acerca de sus contratos empresariales con Microsoft. En noviembre de 1999 el juez del tribunal federal, tras escuchar a los testigos convocados, expuso sus conclusiones y declaró que Microsoft poseía un monopolio en el mercado de sistemas operativos. En abril de 2000, el juez hizo pública la sentencia contra la compañía por haber violado las leyes antimonopolio al emplear tácticas que entorpecían la competitividad. Microsoft recurrió el fallo.
En 1999 Microsoft pagó 5.000 millones de dólares a la compañía de telecomunicaciones AT&T Corp. para utilizar su sistema operativo Windows CE en dispositivos diseñados para ofrecer a los consumidores servicios integrados de televisión por cable, teléfono y acceso rápido a Internet. Además, ese mismo año, la compañía lanzó Windows 2000, la versión más actualizada del sistema operativo Windows NT. En enero de 2000 Bill Gates traspasó su cargo de presidente ejecutivo (CEO) a Ballmer, un cambio que le ha permitido a aquél centrarse en el desarrollo de nuevos productos y tecnologías.
Una vez probadas por Microsoft las nuevas características de Plug and Play en la serie W9X, y una vez probada la estabilidad de núcleo de Windows NT, Microsoft considera que ha llegado el momento de integrar todo en un único sistema operativo.
Inicialmente, Windows 2000 se gestó como el sucesor y el integrador de todos los Windows. La idea original pasaba por incorporar en Windows 2000 las 'features' de PnP y resto de subsistemas probados y experimentados en la serie de Windows al consumo (9X). A lo largo de la fase beta de W2000, Microsoft se replanteó la posicion anterior, entiendo que correctamente, ya que el mercado no estaba preparado todavía para una transición completa a núcleo NT, y por tanto, el producto final que salió al mercado, siguió siendo un NT puro (mejorado en muchísimas características).
En este impass, fué cuando Microsoft desarrolló simultaneamente Windows ME como sucesor último de la serie de 16 bits. De paso, sirvió para probar tecnologías (System Restore, soporte básico a nuevos dispositivos como por ejemplo uPnP y USB 2.0) las cuales deberían integrarse en los próximos sistemas operativos.
Por su parte, Windows 2000, no solo integró las nuevas tecnologías de soporte a hardware (PnP) realmente completo, sino que además integró y mejoró las funcionalidades definidas por las normas ACPI.
Las características ACPI no son de Microsoft, sino que es un estandar de mercado en cuya definición, participaron entre otros Compaq, Intel y Microsoft, y a las cuales los fabricantes de placas madre, llegaron al acuerdo de poner como fecha el 1 de Diciembre de 1998 para que todas sus nuevas placas madre se ajustasen a dicha normativa. La experiencia nos ha demostrado posteriormente que esto no ha sido verdad y que muchas de las actuales placas madre, dejan mucho que desear con respecto al cumplimiento de dicha norma. Pero en la actualidad, al menos los grandes fabricantes, se ajustan bastante bien a las características ACPI.
Otra de las grandes innovaciones en Windows 2000 fue el desarrollo del Active Directory. Realmente, la idea tampoco fue de Microsoft, sino que fue una implantación mejorada del servicio de Directorio de Novel.
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