La versión 5 estable no apareció hasta octubre de 1994, y ha sido tan popular que todavía se usa. Introdujo muchas de las características que hacen al PERL tan fácil de programar, incluyendo los módulos, las facilidades para programación dirigida a objetos, referencias y mucho mejor documentación. Aparecen muchos otros libros, tales como Learning Perl.
A partir de la versión 5.6, Perl sufrió una nueva transformación (comenzando por la eliminación de muchos números en sus versiones). Además, se incluye soporte pleno de caracteres internacionales, hebras, y mejor compilador. Se institucionaliza un sistema de patch pumpkin, o encargado de cada nueva versión, que es el que decide qué va a entrar de nuevo y qué no, sustituyendo a Larry Wall. Una empresa comercial, ActiveState, que ya participaba activamente en su desarrollo, comienza a controlar más de cerca al PERL, y a la vez, a crear herramientas más potentes (y comerciales) para desarrollo con PERL.
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